甘肃省工业微生物菌种保藏中心（中国工业微生物菌种保藏管理中心甘肃分中心）始建于2005年，是甘肃省自然科技资源平台的重要组成部分，同时也是国家微生物资源平台工业微生物菌种平台的建设单位之一，现为西北唯一从事工业微生物菌种保藏管理的专门机构。

2007年，本中心跻身于国家科技基础条件平台建设项目，并承担其中子课题“甘肃地区工业微生物菌种资源标准化整理、整合及共享试点”。2016 年,本中心成为国家微生物资源平台授牌认可的参建单位，被授权成为西北地区唯一的微生物菌种服务网络节点单位。同年依托本中心建设的“甘肃省微生物资源与生物能源院士工作站”揭牌成立,使中心的发展步人了一个新的发展时期。

中心主要负责全省工业生产与研究应用微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与对外交流。自成立以来，通过分离、纯化、诱变和基因编辑等手段，整理整合具有优良性能的微生物菌种资源近2000株，包括细菌、放线菌、酵母菌、小型丝状真菌和大型真菌等，共计160个属300余种，功能涵盖环境治理、农业、医药、轻工等多个领域。中心现库藏备份3万余支，设有菌种资源库（实物）和数据库（网址：http://jzk.gsmsc.cn/），用户可以通过互联网浏览、咨询、订购所需微生物菌种，方便快捷。